Estas son las mayores diferencias entre el manga y el anime de Sargento Keroro:
- Una de las mayores diferencias es que en el anime los integrantes de la tropa Keroro se reúnen muy rápido, en los primeros 8 episodios, mientras que en el manga van apareciendo todos poco a poco. Esto hace que haya capítulos que difieran enormemente por faltar personajes.
- Un pervertido intenta tocarle el culo a Aki en el tren cuando aparece por primera vez; eso en el anime no pasa.
- En el primer tomo del manga el dibujo es más tosco; los keronenses son más regordetes y sus gorros tienen forma de taza.
- En el anime se reducen los contornos de las féminas, especialmente de Aki Hinata, y la ropa interior visible.
- La primera vez que Keroro se emborracha de humedad en el manga es por la lluvia, mientras que en el anime es por unas máquinas humectadoras que llevaron Tamama y Giroro (que sobrepasaron el nivel de humedad ya que igualmente tambien llovio durante ese capitulo). Igualmente en el manga es Fuyuki quien consigue parar al sargento (aunque en el manga no aparece ningun Niororo).
- En el manga sale la página web del sargento, llamada Poesía y Violencia: La Habitación del Sargento.
- En el manga los "casitigos" de Momoka a Tamama y Natsumi a Keroro son mas exagerados que en el anime, por ejemplo: Momoka golpeó a Tamama con los balones durante el capitulo donde ambos aparecen por primera vez, o Natsumi muchas veces le provoca literalmente sangre a Keroro con sus patadas).
- En la lucha de Natsumi contra Garuru cuando pierde el cibertraje en el manga se queda en bañador.
- En el manga Tamama puede crear un agujero espacio-tiempo trazando un círculo con el dedo en el aire; esto en el anime está suprimido.
- En el manga Fuyuki prueba la Kerobola en un parque, mientras que en el anime da para todo un capítulo y la prueba en el tejado del colegio.
- Cuando los Hinata encuentran a Keroro, éste ata a Natsumi e intenta cortarle las bragas con un cuchillo diciendo si está ahí la Kerobola.
- En el manga Keroro amenaza a Natsumi con un cuchillo y a Aki con una sierra japonesa, mientras que en el anime es con la Kerobola. En el manga nunca deja de tener en su poder la Kerobola (menos al principio durante las pruebas de Fuyuki, hasta que Keroro se la pide para acomodar su habitacion).
- Cuando están de vacaciones en la playa tropical, en el anime, Giroro y Paul asustan a todo el mundo con su lucha, mientras que en el manga se encuentran con el fantasma, un viejo soldado que se hace amigo de Keroro y Tamama.
- Cuando Momoka se hace la ahogada para que Fuyuki la salve en el anime la salva Paul, mientras que en el manga la salva Natsumi (puesto que Paul aun no habia aparecido por ese capitulo en el manga).
- En el manga Fuyuki le pregunta a Momoka por qué renunció a ir al instituto Kissho pero esta le dice que es un secreto.
- En el manga cuando espían a Keroro (realmente era Giroro) Tamama le ayuda a hacer gamberradas, mientras que en el anime se apaña él sólo.
- En el día de Año Nuevo en el manga, se emborrachan, Mois le enseña el sujetador a Keroro y le dice "que le haga (tachado). La siguiente escena está tapada por un cartel de "sólo para más de 18 años", firmado por Yoshizaki. También hay situaciones muy divertidas, como Kururu bebiendo absenta o cuando Mois, ebria, descubre que Giroro es abstemio. En el anime todo eso está suprimido. Lo que pasa es que todos toman una sopa alucinógena y Mois sueña que se casa con Keroro. Aun así dice "su promesa para el 2007 es: casarse con tío Keroro.
- Cuando aparece Mois en el anime cae del cielo sobre el tejado de la casa y luego sobre la tienda de Giroro, pero en el manga Fuyuki la ve caer en un parque y se la lleva a casa.
- En el manga cuando Mois revela su verdadera forma se quita toda la ropa (al menos la primera vez).
- Cuando Mois realiza la primera vez el Armaggedon lo hace en el patio de los Hinata creando un crater. Esto en el manga pasa dentro del recibidor de la casa y no crea ningun destrozo.
- En el manga cuando Natsumi se enfada con Keroro, le golpea o le insulta y Tamama se mete al medio y le idice que no se meta con el sargento. En el anime no le importa, sólo se enfada, o ni eso.
- En el anime Aki explica por qué le cede una habitación al Sargento, cuando Natsumi le pregunta, mientras que en el manga es al revés: Aki pregunta por qué debería dársela.
- Cuando Momoka habla con Fuyuki por primera vez en el manga es en el patio del colegio, mientras que en el anime es en el pasillo después de clase.
- Cuando Keroro salva a Momoka de un Tamama-impacto en el manga le suelta una descarga con la Kerobola, mientras que en el anime le cae una cuba de metal en la cabeza.
- Cuando Fuyuki y Momoka celebran la reunión del club de lo paranormal en casa de los Hinata, en el anime Momoka intenta llamearle por su nombre pero, Keroro y Tamama usan palabras que tienen parte del nombre de Fuyuki para hacer perder la concentracion de Momoka. En el manga no intenta llamarlo por su nombre y por lo tanto Keroro y Tamama no hacen nada.
- En el capítulo Karara y Taruru: Pokopén será nuestro en el manga es Chiroro, y no Taruru, quien va.
- En el manga, cuando Taruru llega a la Tierra con Karara, ya está en la tropa Garuru, según le menciona a Tamama.
- En el anime, siempre que aparece Fuyuki en camiseta, esta siempre es la misma: verde con un alien; en el manga cambia mucho, hasta hace publicidad de los JJOO de Atenas en una de ellas. Lo mismo ocurre con Natsumi.
- La lista de episodios cambia mucho entre el manga y el anime, tanto en el orden en que aparecen como en capitulos suprimidos y creados en el anime, ademas hay muchos mas capitulos en el anime que en el manga porque en si casi 2 de 3 son de relleno (ampliar temporadas).
- Existe una gran diferencia temporal entre el anime y el manga, ya que el anime comienza en el 2004 mientras que el manga comienza en el 1999, cosa que altera algunos sucesos, como por ejemplo que Angol Mois en el anime se retrasa 5 años en la destruccion de Pokopen, en el manga llega incluso 5 meses antes.
- En el anime, durante el capitulo "Keroro supera el punto critico" es Tamama quien explica la funcion de la Antibarrera a Keroro, en el manga es Giroro y incluso Tamama desconocia esta funcion (ya que el entra en casa de los Hinata con su habilidad de crear portales espacio-temporales).