Tokio es la ciudad y capital japonesa en donde se desarrolla principalmente la historia en el anime, a diferencia del manga que se desarrolla en Mushashi City. Tokyo aparece tanto en la mayoria de los episodios como en la peliculas.
Muchos de los edificios de los Nishizawa, como es la Mansión de Momoka o las torres se ubican allí. Tambien los museos y expediciones que realiza el Club de lo Paranormal se ubican allí en su mayoría.
Uno de los episodios que no se realizan allí son los episodios de Musha Kero, aunque se situan en un planeta con un gran parecido al Tokio feudal de la era Pro-Edo.
En Keroro: Flash Series si bien no se menciona en ningun momento el nombre de la ciudad se implica que esta es Tokio.